Отправка электронной налоговой отчетности обладает рядом преимуществ. В первую очередь, это экономия времени. При таком способе отправки, нет необходимости тратить его на дорогу в налоговую инспекцию и ожидание очереди. Направленная таким образом отчетность имеет такую же юридическую силу, как и документация на бумажном носителе, т.к. заверяется электронной цифровой подписью. Дублировать предоставление на бумаге не требуется.

Система онлайн отправки автоматизирована таким образом, что при формировании в ней отчетности происходит проверка на ошибки при заполнении. Таким образом, можно минимизировать количество необходимых исправлений и корректировок.

Т.к. направляя отчетность онлайн способом, сведения имеют зашифрованный вид, а также бухгалтер верифицирует их электронной цифровой подписью, это гарантирует конфиденциальность информации.

В случае обновления или внесения изменений в формы отчетности, бухгалтер уже при формировании документации будет об этом знать, в то время как, заполняя бумажный носитель, возможно ошибочное использование старого формата.

В настоящее время все больше организаций использует возможность электронной отправки налоговой документации, а для ряда компаний это условие является обязательным. К ним относятся:
- налогоплательщики с официальной среднесписочной численностью сотрудников за прошедший календарный год более 100;
- созданные новые или реорганизованные организации с официальной численностью сотрудников более 100;
- прочие налогоплательщики, для которых обязанность электронной отправки документов, применимая к уплате конкретных налогов, предусмотрена налоговым кодексом;
- организации, признаваемые налоговым кодексом крупнейшими (ст. 83), за исключением информации, являющейся государственной тайной;
- по НДФЛ, налогоплательщики с официальной численностью сотрудников более 10 чел.

Существует несколько способов отправки онлайн отчетности:
1. Оформление нотариальной доверенности для возможности управления бухгалтерией уполномоченным представителем. Преимуществом данного способа является экономия расходов на покупку специального бухгалтерского программного обеспечения, а также на покупку электронной цифровой подписи.
2. Заключение договора с операторами электронного документооборота. Это способ имеет более высокую оплату, чем работа с уполномоченным представителем. Однако, его плюс в том, что организация сама формирует отчетность, а значит - контролирует процесс. Заполнение документов возможно, как в собственном программном обеспечении, так и на площадке оператора, где происходит автоматическая проверка декларации на наличие ошибок и несоответствий.
3. Существует возможность ведения бухгалтерского учета прямо на сайте поставщиков услуг (так называемая облачная бухгалтерия). Плюс данного способа в том, что отправить налоговую документацию, используя специальные средства защиты и кодировки информации, возможно из любого города или страны. Несомненное преимущество - мобильность. Даже в случае нахождения бухгалтера, например, на больничном, сроки передачи будут соблюдены.
4. Существует также возможность электронной сдачи деклараций непосредственно на сайте налоговой службы РФ. Преимущество такого способа - бесплатная отправка, однако, в расходы предприятия следует внести стоимость покупки электронной цифровой подписи, использование которой обязательно в данном случае.
В случае успешной отправки документации, организация получает от налогового органа протокол, который является подтверждением получения сведений.
Говоря о преимуществах, стоит отметить и некоторые недостатки онлайн отчетности:
- этот способ требует определенных денежных затрат - покупка электронной подписи, услуги нотариусов, услуги операторов ЭДО и пр.;
- электронная отправка целиком и полностью зависит от качества услуг интернет-провайдера, поэтому, если произойдет сбой в работе интернета, это может привести к нарушению сроков отправки, а значит к штрафным санкциям;
- вероятность возникновения технических сбоев, которые повлекут неточности или ошибки в отправленных файлах;
- в случае возникновения вирусной атаки, возможна утечка информации.