Об участии ФГБУ «ВНИИКР» в первой встрече по международному проекту Euphresco II

21 февраля 2013 г. в г. Йорке в Агентстве по научным исследованиям в области продовольствия и окружающей среды (FERA) состоялась первая встреча в рамках проекта Европейской Программы по координации европейских фитосанитарных исследований (Euphresco II) «Валидация протоколов ДНК-баркодирования конечными пользователями». Российская сторона была представлена заведующим лабораторией бактериологии и молекулярных методов диагностики К.П. Корневым, заведующим лабораторией вирусологии Ю.А. Шнейдером, старшим научным сотрудником лаборатории микологии М.Б. Копиной. Кроме России в семинаре приняли участие специалисты еще 7 стран (Испании, Великобритании, Австрии, Бельгии, Франции, Словении, Нидерландов).

Основная цель проекта Euphresco II – усовершенствование и валидация проекта стандарта РМ7/new (0.21) «ДНК-баркодинг как метод идентификации вредных регулируемых организмов». Проект совмещает в себе применение результатов работы проекта по баркодированию Q-BОL и базы данных по карантинным видам Q-BANK. Выполнять работу планируется в 3 этапа: определение разделов проекта, подлежащих изменению, создание диагностического стандарта РМ7/new, валидация путем проведения ринг-тестов между участниками проекта.

На встрече участниками проводилось обсуждение проекта стандарта РМ7/new (0.21) с пошаговой корректировкой текста, в частности приложений 7 и 8, где описана подготовка образцов и проведение секвенирования, получение консенсусных последовательностей и их расшифровка с применением баз данных NCBI (Национального центра биотехнологической информации), BOLD (нуклеотидных последовательностей животных, растений и грибов) и Q-BANK. Один из координаторов проекта Bart van de Vossenberg продемонстрировал программу Geneious, позволяющую получать консенсусные

для дальнейшего баркодирования вредных организмов.

Также в рамках встречи были внесены предложения о включении в проект баркодирования вирусов и сорных растений, которые ранее не рассматривались в завершенном проекте Q-BОL.

Особое внимание уделялось вопросам относительно ринг-тестов: сроки проведения, подготовка образцов, ответственные исполнители по группам организмов, форма предоставления отчетов. Были определены основные требования к применяемым в секвенировании расходным материалам и необходимому программному обеспечению для обработки нуклеотидных последовательностей. Проект планируется завершить в конце 2014 года.