Об участии ФГБУ «ВНИИКР» в конференции по высокопризводительному секвенированию «NGS-2015»

14 мая в Институте биоорганической химии РАН (Москва) состоялась конференция-школа «NGS-2015», посвященная применению методов секвенирования следующего поколения в научных исследованиях и медицине. От ФГБУ «ВНИИКР» в научном мероприятии приняли участие начальник и специалисты научно-экспериментального отдела: И.О. Камаев, Ю.Ю. Кулакова, Д.Л. Белкин, Г.Н. Матяшова и младший научный сотрудник лаборатории бактериологии и молекулярных методов И.М. Игнатьева. В настоящее время в научно-экспериментальном отделе проводят секвенирование лишь небольших фрагментов генома различных объектов (от бактерий до растений и насекомых), в то время как стремительное развитие молекулярной биологии привело к созданию технологий, позволяющих изучать большие участки или целые геномы живых организмов.

На конференции доклады представляли специалисты академических и прикладных институтов, а также компаний, специализирующихся в области молекулярно-генетических исследований. Были рассмотрены различные аспекты применения методов высокопроизводительного секвенирования в научных исследованиях геномов и транскриптомов различных живых организмов и в медицинской практике. С помощью этих методов выявляют целый блок наследственных заболеваний и предрасположенность к ним, что активно используется в медицинской практике. Новейшие разработки позволяют проводить метагеномные исследования, когда получают последовательности маркерного фрагмента генома всех микроорганизмов из пробы воды, почвы или органов человека для выявления патогенов или видов, ассоциированных с заболеваниями.

Данные методы активно начинают использоваться и в практике карантина и защиты растений зарубежных стран. Так, например, на заседании комиссии по фитосанитарным мерам ФАО (март 2015 г., Рим) демонстрировались возможности исследования микробных сообществ для выявления их видового состава и предварительные результаты секвенирования полных геномов вирусов растений (проект Q-detect). Однако, для растений и насекомых полногеномные исследования еще только начинают развиваться. Тем не менее, эти работы крайне актуальны для последующего поиска молекулярных маркеров и разработки методов молекуляно-генетической идентификации таких объектов как, например, ценхрус, череды, щитовки или непарный шелкопряд. Вопросы возможного применения методов выскокопроизводительного секвенирования для создания методов идентификации карантинных вредных организмов в настоящее время рассматриваются в рамках деятельности научно-экспериментального отдела.